ЖОО басқару жүйесінің сапасын және тиімділігін жоғарылату мақсатында 2005 жылы С. Торайғырова атындағы ПМУ сапа менеджменті жүйесі енгізілді.
«Русский Регистр» (Санкт-Петербург қ.) атты сертификаттау жөніндегі Қауымдастықтың және «IQNet» атты сертификаттау жөніндегі Халықаралық желінің шешіміне сәйкес лицензиялау саласына және № 06.022.026 мемлекеттік аккредиттеуге сәйкес мамандықтар және бағыттар бойынша жоғары кәсіптік білімнің мемлекеттік жалпыға міндетті білім беру стандарттары негізінде жоғары кәсіби білімді (бакалавр, маман) кадрларды даярлау жөніндегі білім беру қызметіне қатысты 2006 жылы 23 қаңтарда университетке сапа менеджменті жүйесінің Халықаралық стандарт ИСО 9001:2000 сәйкес келу сертификаты берілді.
Сертификаттың жарамдылық мерзімі аяқталуына байланысты және сапа менеджменті жүйесін қайта тексеру негізінде «Русский Регистр» атты сертификаттау жөніндегі Қауымдастықпен және «IQNet» атты сертификаттау жөніндегі Халықаралық желімен № 09.049.026 лицензиялау саласына сәйкес мамандықтар топтары бойынша мемлекеттік жалпыға міндетті білім беру стандарттары негізінде жоғары кәсіби білім, жоғары оқу орнынан кейінгі және қосымша кәсіби білім беру бағдарламалары бойынша кадрларды даярлау жөніндегі білім беру қызметіне және әзірлемеге қатысты 2009 жылы 23 қаңтарда университетке сапа менеджменті жүйесінің Халықаралық стандарт ИСО 9001:2000 сәйкес келу сертификаты берілді.
2008 жылы «Сапа менеджменті жүйесі. Талаптар» атты Халықаралық стандарт ИСО 9001:2008 жаңа нұсқасының шығуына байланысты және сапа менеджменті жүйесінің «Русский Регистр» атты сертификаттау жөніндегі Қауымдастықтың және «IQNet» атты сертификаттау жөніндегі Халықаралық желінің тарапынан инспекциялық тексеру негізінде № 09.049.026 лицензиялау саласына сәйкес және мамандық топтары бойынша мемлекеттік жалпыға міндетті білім беру стандарттары негізінде жоғары кәсіби білім, жоғары оқу орнынан кейінгі және қосымша кәсіби білім беру бағдарламалары бойынша кадрларды даярлау жөніндегі білім беру қызметіне және әзірлемеге қатысты 2010 жылы 10 наурызында университетке сапа менеджменті жүйесінің Халықаралық стандарт ИСО 9001:2008 сәйкес келу сертификаты берілді.
Сертификаттың жарамдылық мерзімі аяқталуына байланысты және сапа менеджменті жүйесін қайта тексеру негізінде «Русский Регистр» атты сертификаттау жөніндегі Қауымдастықпен және «IQNet» атты сертификаттау жөніндегі Халықаралық желімен № 12.0005.26 ғылыми-зерттеу қызметі, лицензиялау саласына сәйкес мамандықтар топтары бойынша мемлекеттік жалпыға міндетті білім беру стандарттары негізінде жоғары кәсіби білім, жоғары оқу орнынан кейінгі және қосымша кәсіби білім беру бағдарламалары бойынша кадрларды даярлау жөніндегі білім беру қызметіне және әзірлемеге қатысты 2012 жылы 23 қаңтарда университетке сапа менеджменті жүйесінің Халықаралық стандарт ИСО 9001:2008 сәйкес келу сертификаты берілді.
С. Торайғыров атындағы Павлодар мемлекеттік университетінің меншік нысаны өзрегіс байланысты және сапа менеджменті жүйесін қайта тексеру негізінде «Русский Регистр» атты сертификаттау жөніндегі Қауымдастықпен және «IQNet» атты сертификаттау жөніндегі Халықаралық желімен № 12.0005.26 лицензиялау саласына сәйкес және мамандық топтары бойынша мемлекеттік жалпыға міндетті білім беру стандарттары негізінде жоғары кәсіби білім, жоғары оқу орнынан кейінгі және қосымша кәсіби білім беру бағдарламалары бойынша кадрларды даярлау жөніндегі білім беру қызметіне және әзірлемеге қатысты 2013 жылы 22 қаңтарда университетке сапа менеджменті жүйесінің Халықаралық стандарт ИСО 9001:2008 сәйкес келу сертификаты берілді (қайта рәсемделенді).
Сертификаттың жарамдылық мерзімі аяқталуына байланысты және сапа менеджменті жүйесін қайта тексеру негізінде «Русский Регистр» атты сертификаттау жөніндегі Қауымдастықпен және «IQNet» атты сертификаттау жөніндегі Халықаралық желімен № 15.0046.026 ғылыми-зерттеу қызметі, лицензиялау саласына сәйкес мамандықтар топтары бойынша мемлекеттік жалпыға міндетті білім беру стандарттары негізінде жоғары кәсіби білім, жоғары оқу орнынан кейінгі бағдарламалары бойынша кадрларды даярлау жөніндегі білім беру қызметін көрсету және өңдеуге қатысты 2015 жылы 23 қаңтарда университетке сапа менеджменті жүйесінің Халықаралық стандарт ИСО 9001:2008 сәйкес келу сертификаты берілді.
2015 жылы «Сапа менеджменті жүйесі. Талаптар» атты Халықаралық стандарт ИСО 9001:2015 жаңа нұсқасының шығуына байланысты және сапа менеджменті жүйесінің «Русский Регистр» атты сертификаттау жөніндегі Қауымдастықтың және «IQNet» атты сертификаттау жөніндегі Халықаралық желінің тарапынан ресертификациялық тексеру негізінде №18.0084.026 ғылыми-зерттеу қызметіне, лицензиялау саласына сәйкес жоғары және жоғарғы оқу орнынан кейінгі білім берудің мемлекеттік жалпыға міндетті стандартына орай жоғары және жоғарғы оқу орнынан кейінгі бағдарламалар бойынша кадрлар дайындауда білім беру қызметін даярлау мен қызмет көрсетуге қатысты 2018 жылы 18 қаңтарында университетке сапа менеджменті жүйесінің Халықаралық стандарт ИСО 9001:2015 сәйкес келу сертификаты берілді.
Сапа менеджменті жүйесінің қызмет ету кезеңінде   Торайғыров университетінің миссиясы анықталды, сонымен қатар төмендегі құжаттар:
- Торайғыров университетінің 2029 жылға дейінгі сапа саласындағы мақсаты;
- құжаттамаланған процедуралар;
- құрылымдық бөлімшелердегі сапа менеджменті жүйесінің құжаттары (құрылымдық бөлімшелер туралы ереже, қызметтік нұсқаулар, оқу-әдістемелік кешендер және т.б.) әзірленді және қабылданды.